Anstelle von Movie Rotator oder MPEG StreamClip (von squared5.com), die nur begrenzt einsetzbar sind, würde ich AVIDemux empfehlen. Das ist ein Open-Source-Videoeditor, der unter anderem MOV-Dateien öffnen und verlustfrei als AVI speichern oder verarbeiten und Filter wie Rotation anwenden kann.
AVIDemux ist z.B. nützlich, wenn Sie ein Video haben, das nur während eines Teils seiner Dauer gedreht wurde, z.B. wenn der Kameramann vom Hochformat-Modus (e. g. Aufnahme der Rede einer Person) in den Querformat-Modus wechselte (z. B. um die Reaktion des Publikums aufzuzeichnen).
Vor allem aber empfehle ich, Apple-Produkte zu vermeiden, die Videos im .MOV-Format ausgeben.