GitHub - hat die lokalen Dateien von gitHub auf meinem Computer komplett durcheinander gebracht

Ich habe ein Repo im falschen Ordner erstellt. Das heißt, der Benutzerordner im Betriebssystem, wo alle Benutzerordner von Bildern, Videos bis zu Dokumenten sind. Also habe ich das alles zu gitHub gepusht, ohne es zu wissen, und jetzt kann ich kein Repo mehr erstellen, weil die Dateien, mit denen ich arbeite, im Ordner “Dokumente” sind, der sich im Benutzerordner befindet. Und es wird impliziert, dass ich ein Repo innerhalb eines Repos erstelle. Wenn ich also zum Terminal gehe und git status ausführe, zeigt es mir dies:

# On branch master
# Your branch and 'origin/master' have diverged,
# and have 2 and 4 different commits each, respectively.
#
# Changes not staged for commit:
# (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
# (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
# deleted: Documents/m3/m3---Best-Game-Ever
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/CCLab_2/cclab_sketch_1/src/Boxes.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ball_bouncing/Ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/bouncing_ball_classes/src/ball.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/ms_final/src/backGround2.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround.h
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.cpp
# deleted: Documents/of_v0072_osx_release/apps/myApps/mySketch/src/backGround2.h
# deleted: README.md
#
# Untracked files:
# (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
# .Trash/
# .bash_history
# .dropbox/
# .openmdao/
# .ssh/
# Documents/2nd_semester/
# Documents/Arduino/
# Documents/OpenMDAO/
# Documents/Personal/
# Documents/T.A/
# Documents/gitHub/
# Documents/mySite/
# Documents/openFrameworks/
# Documents/resources/
# Documents/webcam-pulse-detector-master/
# Dropbox/
# Library/
# Music/
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

Unnötig zu sagen, dass ich nie etwas ziehen kann. Es sagt, dass alles auf dem neuesten Stand ist. An einem bestimmten Punkt hatte ich ein Repo, das diese Ordner ohne die Dateien auf gitHub hochgeladen hat, aber das habe ich gelöscht.

Irgendwelche Vorschläge?